Клиническая больница № 2 является структурным подразделением ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России и использует все лечебно-диагностические возможности многопрофильного динамически развивающегося лечебного учреждения. Клиника функционирует на основании Устава и в соответствии с лицензией.

В 2009 году на базе клинической больницы № 2 создана монопрофильная специализированная клиника неврологии, нейрохирургии и реабилитации с завершенным технологическим циклом – от диагностики до максимального восстановления нарушенных функций.