Одним из ключевых факторов успешных диагностики и лечения является тесное сотрудничество амбулаторного и стационарного звеньев с соблюдением принципов преемственности и единого понимания патологии.
В ФБУЗ ПОМЦ ФМБА России организована система ведения пациента "поликлиника-стационар-поликлиника". То есть плановая диагностика проводится до поступления в больницу. После выписки из стационара пациент возвращается в поликлинику и продолжает наблюдаться у специалистов, которые помогают подобрать оптимальную тактику восстановительного лечения.
Одним из основных направлений деятельности ПОМЦ является стоматология. Диагностика и лечение заболеваний полости рта проводится в поликлинике № 2 стоматологической. При необходимости возможна госпитализация в отделение челюстно-лицевой хирургии клинической больницы № 3.
Ряд специализированных подразделений ПОМЦ включают в себя и амбулаторный приём, и стационарное лечение. То есть врач начинает вести пациента с первичного приёма и продолжает работу с ним в отделении. Этот принцип реализуется, например, в офтальмологической клинике.
Уникальным для Нижегородской области является гепатологический приём на базе поликлиники № 1 - врачи различных отделений, специализирующиеся на лечении болезней печени, консультируют пациентов с соответствующей патологией.
Колопроктологический приём на базе поликлиники № 1 ведёт врач высшей категории, хирург-колопроктолог Успенский Сергей Викторович.
Приём пациентов по поводу диагностики и лечения заболеваний с применением эндоскопических технологий (лапароскопия, ФГДС, ФКС, бронхоскопия) на базе поликлиники № 1 проводит по вторникам и четвергам заведующий отделением эндоскопии, хирург-эндоскопист Пузанков Алексей Алексеевич.